Fundado en 1301 por Alonso Pérez de Guzmán el Bueno, héroe de Tarifa, para alojar a la orden cisterciense, reservándose para él y su mujer, Doña María Alonso Coronel, una capilla funeraria. En 1431 los cistercienses son expulsados del monasterio, y este es ocupado por los jerónimos hasta 1835.
En 1856 hubo un retorno de una pequeña comunidad de jerónimos, pero en 1978 se trasladaron a Yuste. Desde esa fecha, el convento está deshabitado..

En su momento poseyó una importante biblioteca y se hizo aquí la primera traducción de la Biblia al español, la llamada Biblia del Oso.
Fue el primer enterramiento de Hernán Cortés antes del traslado de sus restos a Méjico.
El conjunto está compuesto por la iglesia, tres patios, refectorio, sala capitular, celdas y dependencias de trabajo como huerta, granero, molino, establos, etc... destinadas estas últimas al autoabastecimiento de la comunidad.
Aunque en apariencia es un solo templo está constituidas por dos iglesias, de una sola nave rectangular. Estas son de estilo gótico-mudéjar, construidas de ladrillo. A los pies de la capilla de Guzmán el Bueno se encuentra el Patio de los Evangelistas, de dos plantas. La superior de arcos semicirculares rebajados sobre pilares de ladrillo ochavados, y la inferior de arcos peraltados. En las galerías podemos contemplar hermosas pinturas murales del siglo XV que representan santos, obispos, motivos heráldicos y de lacería, una alegoría del Árbol de la Vida.

El Patio de los Muertos, situado al sur de ambas iglesias, también es de dos plantas con pilares ochavados, estando decorados los antepechos con calados en forma de estrella. Este patio también posee pinturas murales.
La iglesia de Don Juan Pérez de Guzmán y su esposa, en la que se contemplan las estatuas yacentes sobre sendos sepulcros, está presidida por un retablo del siglo XVII en el que se venera al Crucificado acompañado por la Virgen y San Juan.

La iglesia contigua, la de Guzmán el Bueno, posee uno de los más hermosos retablos españoles. Obra de Martínez Montañés, concluida en 1613, se encuadra en el periodo prebarroco. Para realizarlo contó con la ayuda de Juan de Mesa, Francisco de Ocampo entre otros. En la policromía intervino Francisco Pacheco.
Llama la atención en el conjunto el detalle de que el altar del retablo no presenta el habitual formato de mesa alargada, sino que su proporción paralepipédica recuerda, en cierto modo, el concepto de ara romana.