Puente Genil no se entendería sin el río que le da nombre y que, desde la antigüedad, ejerció una influencia clara en todo el territorio. Por su término municipal aparecen diseminados distintos yacimientos arqueológicos como la Villa Romana de Fuente Álamo, del siglo IV d., cuyos magníficos mosaicos se exhiben en el claustro del antiguo convento de la Victoria. Allí se encuentra el Museo Arqueológico Municipal, donde se pueden admirar materiales y objetos que van desde la Prehistoria hasta la Edad Media, sobresaliendo los romanos de Fuente Álamo, los hispanos visigodos de la necrópolis de los Castellares y los árabes procedentes de Castillo Anzur, atalaya musulmana del siglo X que domina la ciudad y sus contornos.

Hoy parece indudable la existencia de "La Puente" en la Baja Edad Media, más difícil es determinar, al punto que no existe consenso en ello, la fecha aproximada de su fundación, máxime cuando la arqueología todavía no ha arrojado luz sobre ello y los documentos históricos en posesión de la Villa no van más allá de comienzos del siglo XVI.

En cualquier caso, la fundación de la villa de Puente Genil está ligada al proceso de reconquista protagonizado por Fernando III el Santo que culminó con la incorporación de estas tierras a la corona de Castilla en 1240.

Sin embargo, este primer núcleo sería de escasa entidad e incluso sufriría por mor de su situación crisis poblacionales hasta el punto de que hacia el último tercio del siglo XV distintos documentos lo sitúan prácticamente despoblado. Será a finales de ese mismo siglo y principios del XVI cuando comience un proceso repoblador y de asentamiento sin precedentes experimentando la población un crecimiento demográfico y constructivo evidente. Esta eclosión tiene su razón de ser en el final del proceso de reconquista.

A partir de este momento se configurará la trama urbana actual con sus principales monumentos en un proceso de expansión ascendente desde el río hacia las zonas más altas y llanas de la población. Tal expansión culminará en el último tercio del siglo XIX con un período de florecimiento cultural, económico y social de la población que la convertirán en la más importante de la provincia. Prueba de ello son la multitud de huellas que el patrimonio industrial ha dejado en la trama urbana de la ciudad.