En su término se han encontrado restos de un poblado ibérico-turdetano.

Con la denominación romana de Epora, la ciudad adquirió una gran importancia y esplendor durante la dominación romana. Fue uno de los municipios de las Béticas confederadas de Roma, con grandes vestigios como la thocarata, que se exhibe en el museo municipal.

Ocupada por los musulmanes, y dada la importancia estratégica de su situación, es rápida y sólidamente fortificado por éstos, manteniéndose en sus manos hasta la primera toma que de ella hace el rey Alfonso VII en 1.146. Tras sucesivas alternancias de su posesión es conquistada definitivamente por Fernando III en 1.240.

Perteneciendo a la jurisdicción de Córdoba y habiendo sido señorío con anterioridad, a mediados del siglo XVII, Montoro intenta comprar su jurisdicción a la Corona, lo cual se ve frustrado por la falta de medios para efectuar el pago.

En 1.658 es adquirida su jurisdicción y señorío por don Luis Méndez de Haro y Sotomayor, marqués de El Carpio y conde- duque de Olivares. Pocos años después es creado el Ducado de Montoro que se funde con el Marquesado de El Carpio pasando posteriormente a pertenecer a la Casa de Alba, en manos de la cual permanecerá hasta la supresión de los señoríos en que recuperará su jurisdicción.

Por su valeroso comportamiento frente al invasor francés en 1.808, se le otorga el título de " Ciudad Leal, Noble y Patriótica".